비상장주식 양도소득세 (중소 11%·일반 22~27.5%)

비상장 회사 주식을 팔아 차익이 생겼다면, 그 순간부터 양도소득세 신고 의무가 시작됩니다. 문제는 이 세금이 대주주든 소액주주든 가리지 않고 과세된다는 점, 그리고 같은 비상장주식이라도 회사가 중소기업이냐 아니냐에 따라 세율이 2배 이상 벌어진다는 점입니다. 똑같이 1억 원의 차익을 봐도 어떤 사람은 11%를 내고, 어떤 사람은 27.5%를 냅니다. 여기에 신고 기한을 한 번 놓치면 가산세가 20%까지 붙습니다.

이 글은 비상장주식을 매각해 차익이 생긴 투자자·창업주·스톡옵션 행사 직원이 세율 판단부터 세액 계산, 예정·확정신고 기한, 절세 출구전략까지 한 번에 정리하도록 만든 통합 가이드입니다. 단건 안내에는 없던 양도차익 구간별 세액 시뮬레이션, 취득가액을 입증하지 못할 때의 환산취득가액 적용, 무신고 가산세 사례, 그리고 양도 대신 증여·가업승계 특례가 유리한 경우까지 한 장에 담았습니다.

본 가이드는 2026년 6월 기준입니다. 세율·공제·평가 방법 등은 이후 세법 개정으로 변경될 수 있으니, 양도 전 홈택스(hometax.go.kr) 또는 관할 세무서, 세무사를 통해 현행 기준을 한 번 더 확인하시길 권합니다.

개요 — 비상장주식은 왜 다 과세되는가

2026년 6월 기준, 비상장주식을 양도하면 대주주·소액주주 구분 없이 양도소득세 과세 대상이 됩니다. 이는 상장주식과 가장 크게 대비되는 지점입니다. 상장주식은 소액주주(일반 주주)가 장내에서 매도할 경우 양도세가 면제되지만, 비상장주식은 단 한 주를 팔아 생긴 차익이라도 과세 대상이 됩니다. 그래서 비상장주식 거래에서는 "내가 대주주가 아니니 괜찮겠지"라는 생각이 가장 위험합니다.

세율은 회사 규모에 따라 두 갈래로 나뉩니다.

• 중소기업 주식: 11%(지방소득세 포함)
• 일반(중견·대)기업 주식: 22~27.5%(지방소득세 포함, 과세표준 구간에 따라)

같은 차익에 대해 세 부담이 2배 이상 차이 나므로, 비상장주식 양도에서 가장 먼저 확인할 것은 "이 회사가 중소기업인가"입니다.

여기에 더해, 모든 국내 주식을 합산해 양도소득 기본공제 연 250만 원이 적용됩니다. 즉 차익 전체가 아니라 250만 원을 뺀 금액에 세율이 곱해집니다.

한 가지 더 짚어둘 제도 변화가 있습니다. 2025년 시행 예정이었던 금융투자소득세(금투세)가 폐지되면서, 비상장주식은 새로운 과세 체계로 넘어가지 않고 기존 양도소득세 체계가 그대로 유지되고 있습니다. 만약 금투세가 시행됐다면 적용 세율과 공제 방식이 달라졌겠지만, 폐지 이후로는 종전 체계(중소 11%, 일반 22~27.5%)가 계속 적용됩니다.

과세 대상과 세율 구조 한눈에 보기

2026년 6월 기준 비상장주식 양도소득세의 세율 구조는 다음과 같습니다. 모든 세율은 지방소득세를 포함한 실효세율입니다.

여기서 표를 읽는 핵심 포인트는 세 가지입니다.

1. 중소기업 주식은 과세표준이 얼마든 11% 단일세율입니다. 차익이 1천만 원이든 10억 원이든 비율은 같습니다.
2. 일반기업 주식은 과세표준 3억 원을 경계로 세율이 22% → 27.5%로 올라갑니다. 이 구간을 넘기면 초과분에 대해 더 높은 세율이 적용되는 누진 구조입니다.
3. 기본공제 연 250만 원은 국내 주식 전체를 합산해 1년에 한 번 적용됩니다. 종목별로 250만 원씩 빼주는 것이 아닙니다.

증권거래세는 양도소득세와 별개로 부과됩니다. 2026년 비상장주식 거래 시 적용되는 증권거래세율은 관할 세무서 또는 홈택스에서 확인해야 합니다. (2026년 기준 확인 필요)

이 제도는 2026년 기준이며, 세율·공제 등은 이후 세법 개정으로 변경될 수 있습니다. 참고용으로 보시고 현행 제도를 확인한 뒤 진행하시길 권합니다.

중소기업 주식 여부 판단 — 세율을 가르는 핵심 변수

세율이 2배 이상 달라지는 단 하나의 변수가 중소기업 해당 여부입니다. 양도 시점을 기준으로 해당 법인이 중소기업기본법상 중소기업에 해당하는지를 확인해야 합니다. "예전에 중소기업이었다"가 아니라 양도하는 그 시점의 상태가 기준이라는 점이 중요합니다.

중소기업 판단 주요 기준 (2026년 6월 기준)

이 표에서 특히 실무상 자주 걸리는 두 지점이 있습니다.

• 매출액 기준 초과 후 3년 유예: 회사가 급성장해 매출액 기준을 넘겼더라도, 곧바로 중소기업에서 빠지는 것이 아니라 3년간 중소기업으로 유예 인정됩니다. 따라서 매출이 막 기준을 넘긴 회사라면 유예 기간 안인지 확인할 가치가 있습니다. 유예 기간 안이라면 여전히 11% 세율을 적용받을 수 있습니다.
• 독립성 기준(대기업 30% 지분): 회사 자체 규모는 작아도 대기업이 30% 이상 지분을 가진 자회사라면 독립성 기준에 걸려 중소기업에서 제외될 수 있습니다. 스타트업이라도 대기업 투자가 깊게 들어와 있으면 이 부분을 반드시 확인해야 합니다.

스타트업·초기 법인은 대부분 중소기업에 해당하지만, 매출이 급성장하거나 대기업 자회사인 경우 해당 여부가 달라질 수 있습니다. 따라서 양도 전 반드시 회사 측 또는 세무사에게 중소기업 해당 여부를 확인해야 합니다. 11%로 신고했는데 사후에 일반기업으로 판정되면 22~27.5%로 추징되고 가산세까지 더해지므로, 이 한 번의 확인이 세 부담을 좌우합니다.

양도차익 구간별 세액 시뮬레이션

세율표만으로는 실제 얼마를 내는지 감이 잘 오지 않습니다. 그래서 양도차익 구간별로 중소기업(11%)·일반 3억 이하(22%)·일반 3억 초과(27.5%) 세율을 직접 대입해 세액을 계산해보겠습니다. 모든 계산은 기본공제 연 250만 원을 먼저 차감한 과세표준에 세율을 곱하는 방식입니다.

기본 계산 구조

`` 과세표준 = 양도차익 - 기본공제 250만 원 양도소득세액 = 과세표준 × 적용 세율 ``

원문 예시를 그대로 옮기면, 중소기업 주식을 팔아 양도차익 1,000만 원이 났을 때는 다음과 같습니다.

`` 과세표준 = 양도차익 1,000만 원 - 기본공제 250만 원 = 750만 원 양도소득세액 = 750만 원 × 11% = 82.5만 원 ``

양도차익별 세액 비교표 (중소기업 11% vs 일반기업)

아래 표는 위 계산 구조(차익 − 250만 원 기본공제 × 세율)를 양도차익 구간별로 적용한 것입니다. 일반기업은 과세표준 3억 이하 22%, 3억 초과분 27.5%의 누진 구조를 반영했습니다.

과세표준이 3억 원을 넘는 일반기업 사례는 누진 구조라 두 구간으로 나눠 계산해야 합니다. 양도차익 5억 원(과세표준 4억 9,750만 원, 일반기업)을 예로 들면 다음과 같습니다.

`` [일반기업, 과세표준 4억 9,750만 원] 3억 이하분 3억 원 × 22% = 6,600만 원 3억 초과분 1억 9,750만 원 × 27.5% = 5,431.25만 원 합계 양도소득세액 ≈ 1억 2,031.25만 원 (같은 차익을 중소기업 주식으로 팔면 4억 9,750만 원 × 11% = 5,472.5만 원) ``

같은 5억 원 차익인데도 중소기업이면 약 5,472.5만 원, 일반기업이면 약 1억 2,031만 원으로 두 배가 훌쩍 넘는 차이가 납니다. 이 표가 보여주는 결론은 명확합니다. 양도차익이 커질수록 중소기업 여부 한 가지가 만드는 세액 격차도 같이 커집니다. 그래서 차익이 클수록 양도 전 중소기업 판정 확인이 더 중요해집니다.

위 시뮬레이션은 양도차익에서 기본공제 250만 원만 차감하고 세율을 적용한 단순 계산입니다. 실제로는 필요경비, 같은 해 다른 주식 양도와의 손익통산, 증권거래세 등이 더해져 실제 부담액이 달라질 수 있으므로 신고 전 세무사 검토를 권합니다.

취득가액 입증이 안 될 때 — 환산취득가액 적용

양도소득세는 양도가액에서 취득가액을 뺀 차익에 매깁니다. 그런데 비상장주식은 오래 보유했거나 설립 초기에 받은 주식이라 취득가액을 입증할 서류가 없는 경우가 종종 생깁니다. 취득가액을 0으로 잡으면 양도가액 전체가 차익이 돼 세금이 폭증하므로, 이때 활용하는 것이 환산취득가액 절차입니다.

환산취득가액은 실제 취득가액을 확인할 수 없을 때, 양도가액을 기준으로 일정한 산식에 따라 취득가액을 추정해 인정해주는 방법입니다. 핵심은 다음과 같습니다.

• 취득가액·양도가액 증빙 서류가 신고의 기본입니다. 주식 양수도 계약서, 취득 당시 송금 내역, 액면가·인수가 자료 등 취득가액을 뒷받침할 증빙을 우선 갖추는 것이 가장 정확하고 유리합니다.
• 실제 취득가액을 도저히 입증할 수 없을 때, 환산취득가액을 적용하면 취득가액 0원보다 훨씬 큰 금액을 비용으로 인정받아 과세표준(차익)을 낮출 수 있습니다. 이것이 환산취득가액의 절세 효과입니다.
• 다만 환산취득가액은 실제 취득가액이 확인되지 않는 경우의 보충적 수단입니다. 실제 취득가액 증빙이 있는데도 환산취득가액이 더 유리하다고 임의로 골라 쓰는 것은 허용되지 않을 수 있으므로, 적용 가능 여부와 산정 방식은 세무사·세무서를 통해 확인해야 합니다.

정리하면, 취득가액 증빙 확보가 1순위, 증빙이 정말 없을 때 환산취득가액이 2순위입니다. 취득 단계에서부터 계약서와 송금 내역을 보관해두는 것이 향후 양도세를 줄이는 가장 확실한 방법입니다.

비상장주식의 시가 산정에는 세법상 보충적 평가방법(순자산가치·순손익가치의 가중평균)이 적용될 수 있습니다. 취득가액·양도가액·환산취득가액 산정 모두 평가 방법에 영향을 받으므로 전문가 확인이 필요합니다.

신고·납부 방법 — 예정신고와 확정신고

비상장주식 양도소득세는 예정신고와 확정신고 두 단계로 진행됩니다. 예정신고는 의무이고, 확정신고는 그 정산 단계입니다.

1단계: 예정신고 (필수)

예정신고는 양도한 뒤 비교적 빠른 시점에 한 번 신고·납부하는 절차입니다. 기한이 반기 단위로 정해진다는 점이 비상장주식의 특징입니다.

• 신고 기한: 양도일이 속한 반기(상반기 1~6월, 하반기 7~12월) 말일부터 2개월 내
• 상반기(1~6월) 양도 → 8월 31일까지 신고·납부
• 하반기(7~12월) 양도 → 다음 해 2월 28일까지 신고·납부

예를 들어 3월에 양도했다면 상반기 말일(6월 30일)부터 2개월 뒤인 8월 31일까지, 10월에 양도했다면 하반기 말일(12월 31일)부터 2개월 뒤인 다음 해 2월 28일까지 신고하면 됩니다.

2단계: 확정신고

• 신고 기한: 양도한 해의 다음 해 5월 1일~5월 31일
• 예정신고로 이미 납부한 세액을 정산해 추가 납부 또는 환급합니다.

같은 해에 주식을 여러 번 양도했다면 확정신고에서 전체를 합산·정산합니다. 예정신고를 정확히 했고 추가로 양도한 주식이 없다면 확정신고에서 변동이 없을 수 있지만, 정산 단계로서의 확정신고 구조 자체는 양도세 체계의 기본입니다.

필요 서류

신고처

• 홈택스(hometax.go.kr) > 세금신고 > 양도소득세 신고
• 또는 관할 세무서 방문

예정신고 기한과 무신고 가산세 사례

예정신고 기한을 놓치면 세금 자체보다 가산세가 더 아플 수 있습니다. 비상장주식 양도에서 가장 흔한 사고가 바로 "팔고 나서 신고를 깜빡한" 경우입니다.

가산세 종류

• 무신고 가산세: 예정신고 기한 내에 아예 신고하지 않으면 20%
• 과소신고 가산세: 신고는 했으나 세액을 적게 신고하면 10%
• 여기에 더해 납부 지연에 따른 납부지연가산세가 별도로 붙을 수 있습니다.

사례로 보는 가산세

예를 들어 중소기업 주식을 팔아 양도차익 1,000만 원이 났다면 본래 세액은 앞에서 계산한 대로 82.5만 원(과세표준 750만 원 × 11%)입니다. 그런데 예정신고 기한(상반기 양도 시 8월 31일)을 넘겨 신고하지 않으면 무신고 가산세 20%가 붙어, 단순 계산으로도 본세에 약 16.5만 원이 더해집니다. 차익이 클수록 가산세 절대액도 비례해 커지므로, 1억 원·5억 원대 양도라면 가산세만 수백만 원에서 수천만 원 규모가 됩니다.

기한을 놓쳤다면

예정신고를 놓쳤더라도 손 놓고 있으면 안 됩니다.

• 다음 해 5월 확정신고 때 신고·납부할 수 있습니다. 예정신고를 못 했다고 영영 신고 기회가 사라지는 것은 아닙니다.
• 다만 예정신고 기한 내 미신고에 대한 가산세는 부과될 수 있으므로, 기한이 지났더라도 기한 후 신고라도 최대한 빨리 제출하는 것이 유리합니다. 자진해서 빨리 신고할수록 가산세 부담을 줄일 여지가 있습니다.

핵심은 "기한을 놓쳤다 = 끝"이 아니라 "기한을 놓쳤다 = 지금이라도 가장 빨리 신고"라는 점입니다.

양도 vs 증여·가업승계 특례 — 유리한 출구전략 비교

비상장주식을 정리하는 방법이 꼭 "팔기(양도)" 하나만은 아닙니다. 특히 창업주나 가족 간 지분 이전이라면, 양도 대신 증여하거나 가업승계 특례를 활용하는 편이 세 부담 측면에서 유리할 수 있습니다.

세 가지 출구의 성격 비교

원문이 명시하는 핵심 판단 기준은 다음과 같습니다.

• 가업승계·창업자금 증여특례 대상이라면, 양도보다 증여·승계 특례가 세 부담 측면에서 유리할 수 있습니다. 단순히 시장에 팔아 양도세를 내는 것보다, 가업승계 요건을 충족해 특례를 받는 편이 전체 세 부담을 낮출 수 있다는 의미입니다.
• 따라서 가족·자녀에게 지분을 넘길 계획이라면, 양도와 증여·승계 특례를 사전에 비교 검토해야 합니다. 어느 쪽이 유리한지는 차익 규모, 회사 규모, 승계 요건 충족 여부에 따라 달라지므로 한쪽으로 단정할 수 없습니다.

비교 검토 시 주의할 점

가족 간에 "팔기"를 택할 경우 특히 조심해야 할 함정이 있습니다. 바로 특수관계자 간 저가·고가 거래입니다. 가족에게 시가보다 낮게 팔면, 양도자에게는 부당행위계산부인(시가 기준으로 다시 과세)이, 수증자에게는 증여세가 동시에 따라올 수 있습니다. 즉 "싸게 팔아 양도세를 줄이려다" 오히려 두 가지 세금에 노출될 수 있습니다(자세한 내용은 아래 주의사항 참조).

결론적으로, 단순 매각인지 가족 승계인지에 따라 최적 출구가 달라집니다. 가업승계 가능성이 있다면 양도세 신고에 들어가기 전, 증여·승계 특례와의 세 부담 비교를 먼저 끝내는 것이 순서입니다.

주의사항 — 저가·고가 거래와 평가 함정

비상장주식 양도에서 반복적으로 사고가 나는 지점들을 모았습니다.

• ⚠️ 중소기업 해당 여부에 따라 세율이 2배 이상 차이 납니다. 양도 전 반드시 확인하세요. 잘못 판정하면 추징과 가산세로 이어집니다.
• ⚠️ 특수관계자 간 저가·고가 거래는 부당행위계산부인 및 증여세 과세 위험이 있습니다. 가족 등 특수관계자와 거래할 때는 반드시 시가(감정평가 또는 보충적 평가방법) 기준으로 거래해야 합니다.
• 가업승계·창업자금 증여특례 대상이라면 양도보다 증여·승계 특례가 세 부담 측면에서 유리할 수 있으므로, 사전 비교 검토가 필요합니다.
• 예정신고 기한을 놓치면 무신고 가산세(20%) 또는 과소신고 가산세(10%)가 부과될 수 있습니다.
• 비상장주식 평가 시 세법상 보충적 평가방법(순자산가치·순손익가치의 가중평균)이 적용될 수 있으므로, 취득·양도 시가 산정에 주의해야 합니다. 거래 당사자가 임의로 정한 가격이 아니라 세법상 시가가 기준이 된다는 점을 기억하세요.

자주 묻는 질문(FAQ)

Q1. 스타트업 직원이 스톡옵션을 행사한 후 비상장주식을 팔 때 세율이 11%인가요, 22%인가요? A. 해당 회사가 중소기업 기준을 충족하면 11%, 충족하지 못하면 22~27.5%가 적용됩니다. 다만 스톡옵션 행사 이익 자체는 별도의 과세 체계(근로소득 등)가 적용되고, 주식을 팔 때 발생하는 양도차익에 대해 위 세율이 적용됩니다. 즉 행사 단계와 매도 단계가 각각 다른 세금이라는 점을 구분해야 합니다.

Q2. 비상장주식을 가족에게 시가보다 낮게 팔 수 있나요? A. 특수관계자 간 저가 양도는 부당행위계산부인(양도자 추가 과세) 또는 증여세 과세(수증자 과세) 위험이 있습니다. 시가를 기준으로 거래하는 것이 안전하며, 세무사에게 시가 평가를 먼저 받는 것을 권장합니다.

Q3. 예정신고를 놓쳤습니다. 어떻게 해야 하나요? A. 다음 해 5월 확정신고 시 신고·납부할 수 있습니다. 다만 예정신고 기한 내 미신고 시 가산세가 부과될 수 있으므로, 가능하면 기한 후 신고라도 빨리 제출하는 것이 유리합니다.

Q4. 금융투자소득세 폐지가 비상장주식에도 영향을 미치나요? A. 금투세 폐지로 비상장주식은 기존 양도소득세 체계가 그대로 유지되고 있습니다. 금투세가 시행됐다면 적용 세율·공제 방식이 달라졌겠지만, 폐지 이후로는 종전 체계(중소 11%, 일반 22~27.5%)가 계속 적용됩니다.

Q5. 비상장주식 양도 시 증권거래세도 내야 하나요? A. 양도소득세와 별개로 증권거래세가 부과됩니다. 2026년 기준 세율은 홈택스 또는 세무서에서 확인을 권장합니다. (기준 확인 필요)

Q6. 양도차익이 250만 원 이하면 세금을 안 내나요? A. 양도소득 기본공제가 연 250만 원(국내 주식 전체 합산)이므로, 한 해 동안의 국내 주식 양도차익 합계가 250만 원 이하라면 과세표준이 0이 돼 세 부담이 발생하지 않을 수 있습니다. 다만 신고 의무 자체는 별도로 판단해야 하므로 신고 여부는 세무서에 확인하세요.

Q7. 취득가액을 증빙할 서류가 없으면 세금을 어떻게 계산하나요? A. 실제 취득가액을 입증할 수 없을 때는 환산취득가액을 적용해 취득가액을 추정·인정받을 수 있습니다. 취득가액을 0원으로 잡으면 차익이 과대 계상돼 불리하므로, 증빙이 없을 때 환산취득가액이 절세 수단이 됩니다. 적용 가능 여부와 산정 방식은 세무사·세무서에 확인하세요.

Q8. 중소기업이었는데 회사가 커져서 매출 기준을 넘겼습니다. 더 이상 11%가 아닌가요? A. 매출액 기준을 초과하더라도 3년간 중소기업으로 유예 인정되므로, 유예 기간 안이라면 11% 세율을 적용받을 수 있습니다. 다만 대기업이 30% 이상 지분을 보유하는 등 독립성 기준에 걸리면 중소기업에서 제외될 수 있으니, 양도 시점의 정확한 판정은 회사 또는 세무사에게 확인해야 합니다.

신고 전 체크리스트

비상장주식을 양도하기 전, 그리고 신고에 들어가기 전 다음을 차례로 점검하세요.

• [ ] 이 회사가 중소기업인가 — 양도 시점 기준, 업종·매출액·독립성·유예기간 확인 (11% vs 22~27.5%를 가름)
• [ ] 양도차익이 얼마인가 — 양도가액 − 취득가액 계산, 기본공제 250만 원 차감 후 과세표준 산출
• [ ] 취득가액 증빙이 있는가 — 계약서·송금내역 확보, 없으면 환산취득가액 검토
• [ ] 누구에게 파는가 — 특수관계자라면 시가 기준 거래 필수(부당행위계산부인·증여세 위험)
• [ ] 양도가 최선인가 — 가족 승계라면 증여·가업승계 특례와 세 부담 비교
• [ ] 예정신고 기한 확인 — 상반기 양도는 8월 31일, 하반기 양도는 다음 해 2월 28일
• [ ] 확정신고 일정 메모 — 다음 해 5월 1~31일 정산
• [ ] 증권거래세 — 양도세와 별개로 부과되므로 홈택스·세무서에서 세율 확인
• [ ] 필요 서류 준비 — 양수도 계약서, 취득·양도가액 증빙, 중소기업 확인 서류

관련 정보

• deep-asset-tax-overseas-stock-250-deduction — 해외주식 양도소득세 250만 원 공제
• salaryman-tax-stock-option-timing — 스톡옵션 행사 시점별 과세
• deep-asset-tax-capital-gains-necessary-expenses — 양도소득 필요경비 항목

차후 유사 혜택·제도 개정 시 내용을 추가·업데이트하겠습니다.